Dr hab. Joanna Kowalska

Tematyka badawcza

Chemiczna synteza i badanie właściwości modyfikowanych nukleotydów o znaczeniu biologicznym. Nukleotydy odporne na degradację enzymatyczną. Nukleotydowe sondy molekularne. Projektowanie i synteza analogów końca 5' mRNA (kapu) jako reagentów do otrzymywania cząsteczek mRNA o zastosowaniu w biotechnologii i potencjalnie w medycynie. Projektowanie i synteza analogów kapu o właściwościach silnych inhibitorów procesu biosyntezy białka.

Wykształcenie i doświadczenie zawodowe

2002-2006	Studia w Kolegium Międzywydziałowych Indywidualnych Studiów Matematyczno-Przyrodniczych, Uniwersytet Warszawski (UW).
Lipiec 2005	Licencjat Biotechnologii, Wydział Biologii UW
Czerwiec 2006	Magister Chemii - Chemia Organiczna, Wydział Chemii UW, (praca wyknonywana w Zakładzie Biofizyki IFD UW, promotor: dr Jacek Jemielity)
2006 - 2010	Studia doktoranckie w Zakładzie Biofizyki Instytutu Fizyki Doświadczalnej,Wydziału Fizyki, Uniwersytetu Warszawskiego, promotor: prof. dr hab. Edward Darżynkiewicz
od 2011	Zakład Biofizyki Instytutu Fizyki Doświadczalnej,Wydziału Fizyki, Uniwersytetu Warszawskiego, adiunkt

Aktualnie realizowane projekty badawcze

1. 2022-2027 "Horyzont Doskonałości w zastosowaniach matrycowego RNA w immunoOnkologii", akronim: HERO. Zadanie badawcze realizowane przez Uniwersytet Warszawski, Międzynarodowy Instytut Biologii Molekularnej i Komórkowej w Warszawie, Instytut Chemii Fizycznej Polskiej Akademii Nauk oraz Warszawski Uniwersytet Medyczny. Źródło finansowania: Fundusz Polskiej Nauki. Rola w projekcie: kierownik zadań realizowanych na Wydziale Fizyki Uniwersytetu Warszawskiego.
2. 2023-2027 "Dinukleozydopolifosforany (NpnN') jako element molekularnego mechanizmu odpowiedzi roślin na środowiskowe czynniki stresowe na przykładzie winorośli (Vitis vinifera L.)". Projekt OPUS (Narodowe Centrum Nauki) realizowany przez Uniwersytet Warszawski oraz Uniwersytet Przyrodniczy w Poznaniu. Rola w projekcie: kierownik zadań realizowanych na Uniwersytecie Warszawskim.

Zrealizowane projekty badawcze

1. 2011-2016 "Połączenia analogów końca 5' mRNA z nanomateriałami i biomolekułami o potencjalnym znaczeniu w farmakologii lub diagnostyce". Projekt SONATA (Narodowe Centrum Nauki). Rola w projekcie: kierownik.
2. 2015-2017 "Jakościowa i ilościowa analiza wybranych biologicznie ważnych nukleotydów oraz ich analogów o potencjale medycznym za pomocą spektrometrii mas ". Projekt IUVENTUS PLUS (Ministerstwo Nauki i Szkolnictwa Wyższego). Rola w projekcie: kierownik.
3. 2015-2017 "Nowe wysokoprzepustowe metody poszukiwania inhibitorów pirofosfataz o znaczeniu terapeutycznym oparte na fluorofosforanowych analogach nukleotydów ". Projekt LIDER (NCBiR, LIDER/001/003/L-5/13/NCBR/2014). Rola w projekcie: kierownik. Zespół realizujący projekt: dr Dorota Kubacka, mgr Katarzyna Wnęk, mgr Anna Nowicka, mgr Marek Baranowski.
4. 2016-2021 "Synteza i ewaluacja nowego zestawu narzędzi dla biologii i biotechnologii opartego na analogach nukleotydów adeninowych”. Projekt SONATA BIS (Narodowe Centrum Nauki). Rola w projekcie: kierownik.
5. 2019-2024 "Synteza i charakteryzacja nowych sond molekularnych do monitorowania aktywności enzymów związanych z dekapingiem RNA w żywych komórkach”. Projekt OPUS (Narodowe Centrum Nauki). Rola w projekcie: kierownik.

Wybrane publikacje

1. M. Warminski, E. Trepkowska, M. Smietanski, P. J. Sikorski, M. R. Baranowski, M. Bednarczyk, H. Kedzierska, B. Majewski, A. Mamot, D. Papiernik, A. Popielec, R. A. Serwa, B. A. Shimanski, P. Sklepkiewicz, M. Sklucka, O. Sokolowska, T. Spiewla, D. Toczydlowska-Socha, Z. Warminska, K. Wolosewicz, J. Zuberek, J. S. Mugridge, D. Nowis, J. Golab, J. Jemielity, J. Kowalska; Trinucleotide mRNA Cap Analogue N 6-Benzylated at the Site of Posttranscriptional m6Am Mark Facilitates mRNA Purification and Confers Superior Translational Properties In Vitro and In Vivo. Journal of the American Chemical Society 146(12), 2024, 8149-8163
2. H. J. Zhang, M. Ociepa, M. Nassir, B. Zheng, S. A. Lewicki, V. Salmaso, H. Baburi, J. Nagel, S. Mirza, B. Bueschbell, H. Al-Hroub, O. Perzanowska, Z. Lin, M. A. Schmidt, M. D. Eastgate, K. A. Jacobson, C. E. Müller, J. Kowalska, J. Jemielity, P. S. Baran; Stereocontrolled access to thioisosteres of nucleoside di- and triphosphates. Nature Chemistry 16(2), 2024, 249-258
3. M. Warminski, A. Mamot, A. Depaix, J. Kowalska, J. Jemielity; Chemical Modifications of mRNA Ends for Therapeutic Applications. Accounts of Chemical Research 56, 2023, 2814-2826
4. M. Kozarski, K. Drazkowska, M. Bednarczyk, M. Warminski, J. Jemielity, J. Kowalska; Towards superior mRNA caps accessible by click chemistry: synthesis and translational properties of triazole-bearing oligonucleotide cap analogs. RSC Advances 13, 2023, 12809-12824
5. A. Mlynarska-Cieslak, M. Chrominski, T. Spiewla, M. R. Baranowski, M. Bednarczyk, J. Jemielity, J. Kowalska; Fluorinated Phosphoadenosine 5′-Phosphosulfate Analogues for Continuous Sulfotransferase Activity Monitoring and Inhibitor Screening by 19F NMR Spectroscopy. ACS Chemical Biology 17, 2022, 661-669
6. A. Depaix, E. Grudzien-Nogalska, B. Fedorczyk, M. Kiledjian, J. Jemielity, J. Kowalska; Preparation of RNAs with non-canonical 5′ ends using novel di-and trinucleotide reagents for co-transcriptional capping. Frontiers in Molecular Biosciences 9, 2022, 854170

Patenty i zgłoszenia patentowe

1. Jemielity J., Grudzien-Nogalska E., Kowalska J., Darzynkiewicz E., Rhoads R.E "Synthesis and use of anti-reverse phosphorothioate analogs of the messenger RNA cap " US Patent 8, 153, 773, przyznany 10.04. 2012.
2. Kowalska J. Jemielity J., Darżynkiewicz E., Rhoads R.E., Lukaszewicz M., Zuberek J. "mRNA Cap Analogs" US Patent US8519110, przyznany 27.08.2013.
3. Jemielity J., Grudzien-Nogalska E., Kowalska J., Darzynkiewicz E., Rhoads R.E. "Czą steczka RNA oraz sposób otrzymywania peptydów lub białka". Patent nr P 214850 przyznany 26.02.2013 przez Urzą d Patentowy RP
4. Jemielity J., Grudzien-Nogalska E., Kowalska J., Darzynkiewicz E., Rhoads R.E "Synthesis and use of anti-reverse phosphorothioate analos of the messenger RNA cap" Australian Patent 2008265683 (issued 12.12.2013)
5. Kowalska J. Jemielity J., Darżynkiewicz E., Łukaszewicz M., Żuberek J. "Nowe boranofosforanowe analogi dinukleozydów, ich zastosowanie, czą steczka RNA, sposób otrzymywania RNA, oraz otrzymywania peptydów lub białka." Patent nr P 215513 przyznany 31.12.2013 przez Urzą d Patentowy RP
6. 4 zgłoszenia patentowe

Nagrody i wyróżnienia

1. Finalistka Nagród Naukowych Tygodnika Polityka w dziedzinie nauk ścisłych (2015)
2. Nagorda za prezentację posterową 'Antonin Holy Poster Award' na konferencji International Symposium of Nuclesides, Nucleotides and Nucleic Acids, Poznań (2014)
3. Nagroda indywidualna drugiego stopnia Rektora Uniwersytetu Warszawskiego za osią gnięcia naukowe (2013)
4. Stypendium Ministra Nauki i Szkolnictwa Wyższego dla wybitnych młodych naukowców (2012-2014)
5. Nagroda im. Prof. Pieńkowskiego za Wybitne Osią gnięcia w Nauce (2012)
6. Stypendium L'Oreal dla Kobiet i Nauki za badania w ramach pracy doktorskiej (2009)
7. Stypendium krajowe dla młodych uczonych "START" Fundacji na rzecz Nauki Polskiej w roku 2008 oraz przedłużenie Stypendium (2009)
8. Nagroda Wydziału Fizyki Uniwersytetu Warszawskiego im. Rektora Grzegorza Białkowskiego: zespół w składzie: dr Joanna Żuberek, mgr Joanna Kowalska, dr Jacek Jemielity za "projektowanie i chemiczne syntezy analogów kapu (tj. końca 5' mRNA) oraz biofizyczne badania ich oddziaływań z czynnikami białkowymi (2008)
9. Abstrakt konferencyjny wyróżniony "Travel Award" na konferencji "Joint Symposium of the 18th International Roundtable on Nucleosides, Nucleotides and Nucleic Acids and the 35th Symposium on Nucleic Acids Chemistry", Kioto, Japonia, (2008)
10. Stypendium Ministra Edukacji Narodowej w latach akademickich 2004/2005 oraz 2005/2006
11. Nagroda za najlepszą prezentację plakatu podczas "XIII Symposium on The Chemistry of Nucleic Acid Components", Spindleruv Mlyn, Czechy, (2005)

Udział w projektach

Rola końców 5' mRNA i 5' U snRNA (tzw. struktur kapu) w regulacji ekspresji genu