dr Marcin Warmiński

Tematyka badawcza

• Projektowanie i synteza chemicznie modyfikowanych nukleotydów i oligonukleotydów jako narzędzi do badania struktury i funkcji kwasów nukleinowych oraz ich kompleksów z białkami, a także do otrzymywania cząsteczek o potencjalnych zastosowaniach terapeutycznych.
• Badania strukturalne (krystalografia rentgenowska, spektroskopia magnetycznego rezonansu jądrowego) kompleksów naturalnych i syntetycznych (oligo)nukleotydów z białkami.

Wykształcenie i doświadczenie zawodowe

Październik 2021 – teraz	Praca na stanowisku asystenta badawczo-dydaktycznego w Zakładzie Biofizyki Instytutu Fizyki Doświadczalnej Wydziału Fizyki UW;
Październik 2019 – Wrzesień 2021	Praca na stanowisku asystenta badawczo-dydaktycznego w Zakładzie Biofizyki Instytutu Fizyki Doświadczalnej Wydziału Fizyki UW;
Czerwiec 2019	Uzyskanie tytułu doktora biofizyki, Wydział Fizyki UW: Projektowanie i synteza narzędzi molekularnych do badań struktury i funkcji końca 5' mRNA (kapu) oraz badanie ich kompleksów z białkami metodą krystalografii rentgenowskiej; Promotor: dr hab. Jacek Jemielity, prof. UW
Maj 2018 – Wrzesień 2018	Czteromiesięczny staż w grupie prof. Johna D. Grossa z University of California, San Francisco (UCSF): Ekspresja i oczyszczanie białek i kompleksów białkowych znakowanych izotopami 15N i 13C, badania NMR białek i ich kompleksów, krystalizacja kompleksów białkowych.
Maj 2015 – Lipiec 2015	Trzymiesięczny staż w grupie dr Marcina Nowotnego z Laboratorium Struktury Białek w Międzynarodowym Instytucie Biologii Molekularnej i Komórkowej w Warszawie.
Czerwiec 2013	Uzyskanie tytułu magistra chemii (chemia organiczna), Wydział Chemii UW: Synteza, właściwości i zastosowania dinukleotydowych analogów końca 5’ mRNA zawierających linkery diaminowe przyłączone poprzez ugrupowanie karbaminianowe do reszty rybozy; Promotor: dr Jacek Jemielity
Lipiec 2012	Uzyskanie tytułu licencjata chemii (chemia organiczna), Wydział Chemii UW: Tiofosforanowe, dinukleotydowe analogi końca 5’ mRNA zawierające modyfikację izopropylidenową w reszcie rybozy 7-metyloguanozyny; Promotor: dr Jacek Jemielity
Sierpień 2009	Miesięczny staż w laboratorium prof. dr hab. Jadwigi Frelek w Instytucie Chemii Organicznej Polskiej Akademii Nauk.

Projekty badawcze

• 2023 – 2026 „Modyfikowane (oligo)nukleotydy do foto-kontrolowanej manipulacji mRNA” – projekt SONATA (Narodowe Centrum Nauki, 2022/47/D/ST4/00386). Rola w projekcie: kierownik.
• 2013 – 2017 „Badania strukturalne nad analogami końca 5’ mRNA modyfikowanymi w mostku trifosforanowym oraz nad ich kompleksami z białkami, jako etap w racjonalnym projektowaniu terapeutyków oraz narzędzi dla biologii molekularnej” – projekt Diamentowy Grant (Ministerstwo Nauki i Szkolnictwa Wyższego, DI2012 024842). Rola w projekcie: kierownik.

Udział w projektach

• 2022 – 2027 „Horyzont doskonałości w zastosowaniach matrycowego RNA w immunoOnkologii [HERO]” – projekt w ramach konsorcjum Wirtualnego Instytutu Badawczego [WIB] (Fundusz Polskiej Nauki, Sieć Badawcza Łukasiewicz, Polski Ośrodek Rozwoju Technologii [PORT]). Rola w projekcie: wykonawca.

Wybrane publikacje

Wszystkie publikacje dostępne na profilu Google Scholar lub ORCID

• “Chemical circularization of in vitro transcribed RNA for exploring circular mRNA design” Malgorzata Wasinska-Kalwa et al., Nature Communications 2025, 16(1): 6455; https://doi.org/10.1038/s41467-025-61775-1
• “An MST-based assay reveals new binding preferences of IFIT1 for canonically and noncanonically capped RNAs” Tomasz Spiewla et al., RNA 2025, 31(2): 181–192; http://www.rnajournal.org/cgi/doi/10.1261/rna.080089.124
• “Structural basis of Spliced Leader RNA recognition by the Trypanosoma brucei cap-binding complex” Harald Bernhard et al., Nature Communications 2025, 16(1): 685; https://doi.org/10.1038/s41467-024-55373-w
• “Proximity-induced SuFEx increases the potency of cytosolic nucleotidase inhibitors and reveals a rare example of covalently targeted histidine” Mikolaj Chrominski et al., RSC Chemical Biology 2025, 6(6): 942–947; https://doi.org/10.1039/D5CB00005J
• “Aptamer-based assay for high-throughput substrate profiling of RNA decapping enzymes” Katarzyna Grab et al., Nucleic Acids Research 2024, 52(21): e100; https://doi.org/10.1093/nar/gkae919
• “Trinucleotide cap analogs with triphosphate chain modifications: synthesis, properties, and evaluation as mRNA capping reagents” Marcin Warminski et al., Nucleic Acids Research 2024, 52(18): 10788–10809; https://doi.org/10.1093/nar/gkae763
• “Photoactivatable mRNA 5′ Cap Analogs for RNA-Protein Crosslinking” Marcin Warminski et al., Advanced Science 2024, 11(36): 2400994; https://doi.org/10.1002/advs.202400994
• “Trinucleotide mRNA Cap Analogue N6-Benzylated at the Site of Posttranscriptional m6Am Mark Facilitates mRNA Purification and Confers Superior Translational Properties In Vitro and In Vivo” Marcin Warminski et al., Journal of the American Chemical Society 2024, 146(12): 8149–8163; https://doi.org/10.1021/jacs.3c12629
• “Chemical modifications of mRNA ends for therapeutic applications” Marcin Warminski et al., Accounts of Chemical Research 2023, 56(20): 2814–2826; https://doi.org/10.1021/acs.accounts.3c00442

Patenty i zgłoszenia patentowe

• „5’-tiofosforanowe analogi końca 5’ mRNA (kapu), mRNA je zawierające, sposób ich otrzymywania i ich zastosowania” / “Phosphorothiolate mRNA 5′-end (cap) analogs, mRNA comprising the same, method of obtaining and uses thereof” Jemielity J. et al.; WO/2017/130151
• “Novel mRNA 5'-end cap analogs modified within phosphate residues. RNA molecule incorporating the same, uses thereof and method of synthesizing RNA molecule or peptide" Warminski M. et al.; PCT/PL2021/050006; WO/2021/162566
• „Novel mRNA 5'-end cap analogs, RNA molecule incorporating the same, uses thereof and method of synthesizing RNA molecule or peptide” Warminski M. et al.; PCT/PL2021/050007; WO/2021/162567
• „Circular RNA analogs comprising 7-methylguanosine cap, preparation, and application thereof” Mamot A. et al.; PCT/EP2024/063844
• „Dinucleotide monophosphate derivative, the nucleic acid derivative containing it, and the method of obtaining it” Perzanowska O. et al.; PCT/PL2024/050060

Nagrody i wyróżnienia

• Stypendium Ministra Nauki i Szkolnictwa Wyższego dla wybitnych młodych naukowców (2025);
• Wyróżnienie Rektora UW za osiągnięcia naukowe (2025);
• Laureat stypendium START zorganizowanego przez Fundację na rzecz Nauki Polskiej (2018);
• Laureat konkursu ETIUDA 5 zorganizowanego przez Narodowe Centrum Nauki (2017): „Projektowanie i synteza narzędzi molekularnych do badań struktury i funkcji końca 5' mRNA (kapu) oraz badanie ich kompleksów z białkami metodą krystalografii rentgenowskiej”;
• Zwycięzca Polskiej Olimpiady Chemicznej i srebrny medalista Międzynarodowej Olimpiady Chemicznej (2009)